Salesiáni působí v Českých Budějovicích již od roku 1980, neveřejně. Po změně politického režimu byla salesiánům v Českých Budějovicích svěřena farnost Čtyři Dvory.
Oficiálně a veřejně tedy začínali v roce 1990 v jedné malé místnosti, kde se tísnilo několik dětí. Neměli herní pomůcky, zato nadšení a zápal pro věc. Postupně se prostory rozšiřovaly, rostl počet zájemců z řad dětí a mládeže o naplnění volného času.
Od českobudějovického biskupství dostali k dispozici bývalý františkánský kostel sv. Vojtěcha s přilehlou budovou, kde počátkem devadesátých let bylo Salesiánskou provincií Praha založeno Salesiánské středisko mládeže. Oficiálně bylo zřízeno 1. 9. 1995.
V roce 1997-1998 zde byla přistavěna další část budovy a zmodernizována stávající. Následně pak 1. 9. 1999 bylo středisko zařazeno do sítě škol a školských zařízení MŠMT. Na základě nařízení zákona č. 561/2004 Sb. o předškolním, základním, středním, vyšším odborném a jiném vzdělávání bylo Salesiánské středisko mládeže – dům dětí a mládeže České Budějovice ke dni 24. 6. 2006 zapsáno do rejstříku školských právnických osob MŠMT.
Něco málo z historie: